Mojo Jojo es el antagonista principal de las Chicas Superpoderosas, a
pesar de que "accidentalmente" ayudo al Profesor Utonio a crearlas cuando era el mono de laboratorio del profesor llamado "Jojo". Teme de Burbuja en gran medida, como en un momento en que lo derrotó en una rabia terrible. Habla en una forma rotatoria de expresión y a veces no tiene sentido y comúnmente duplica sus palabras.
Fusion Fall
A medida que la guerra con Lord Fuse avanza, Mojo Jojo decidió unir sus fuerzas con los héroes que luchan contra las fuerzas de Lord Fuse. Se desempeña como uno de los cuatro guías para que el Héroe pueda trabajar para el, ha colocado a sus secuaces a trabajar en la búsqueda de Bellota y sirviendo como Monkey Skyway Agents que ayudan a los jugadores a que se muevan por todo el mundo. Sin embargo y secretamente, Mojo ha ideado un plan para combinar el poder de la materia fusión, sus secuaces mono, y marcas propias de la sustancia X, para crear un ejército de sirvientes mono superpoderosos; y alistó la ayuda del héroe para lograr su meta. Ni se imagina que el héroe es en realidad un espía de Dexter y Cerebro.
En el futuro, algunos secuaces mono en Pokey Oaks South mencionan que no han oído hablar de él en las últimas semanas, dando a entender que está perdido, capturado o en la clandestinidad en este momento. Cuando una parte importante del plan de Mojo Jojo (la cual consistía derramar su sustancia X en Forgotten Falls) entró en acción, Mandy y el jugador sabotearon el vertedero hipnotizando a dos de los sirvientes mono de Mojo para arruinar los planes de su amo. Cuando Mojo descubrió a Mandy ella ya había arruinado sus planes, envió al Héroe para que se vengara contra ella, el héroe no lo hizo. Se dice que tiene una fuerte rivalidad contra los otros villanos Cerebro y Vilgax, en una misión los los dos van contra él, convirtiéndolo en el único guía en todo el juego que pelea. Un holograma de él se podía ver en el Sector V (Futuro), junto con Ben, Dexter, Edd y Bloo. Esto se debe a que el murió en batalla contra los fusions.
El apareció en el Monte Neverest para presentarse como guía y para decir las razones de porque el seria el mejor guía. Es posible que el haya llegado al pie de la montaña con el tanque pero se desconoce como llego hasta la cima.